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南京农业大学有3个校区。
1、卫岗校区：南京农业大学卫岗校区位于江苏省南京市玄武区卫岗1号。校区内设有农学院、植物保护学院、园艺学院、动物医学院、动物科技学院、草业学院、资源与环境科学学院、生命科学学院、理学院、食品科技学院、经济管理学院、公共管理学院、人文与社会发展学院、外国语学院、金融学院、马克思主义学院。
2、浦口校区：南京农业大学浦口校区位于江苏省南京市浦口区点将台路40号。该校区内设有工学院、人工智能学院、信息管理学院。此外，还有理学院、外国语学院、马克思主义学院的老师在该校区从事教学工作。
3、江北校区：南京农业大学江北新校区选址位于南京市江北新区，西北至横江大道、东南至滨江大道、西南至慧音街、东北至博达路，总用地面积167公顷，新校区规划建设各类办学用房126万平米，其中一期建设办学用房78万平米。
4、白马教学科研基地：南京农业大学白马教学科研基地位于江苏南京白马国家农业科技园科技创新核心区，规划用地面积5050亩，总建筑面积15.20万平方米，计划总投资8.22亿元，2010年4月获得教育部批准立项建设。
南京农业大学的机械制造与自动化在浦口校区（南京农业大学工学院）。
学院由1952年原中央大学农业工程系和金陵大学农业工程系合并成立的南京农学院农业机械化系而来，同年，在浦口校区成立华东机械化农业学校（1955年更名为南京农业机械化学校），1958年，农业机械化系与江苏省南京农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院，2000年，南京农学院农业机械化分院更名为南京农业大学工学院。
2020年，学校将农业工程学科及机械工程学科及相关专业合并组成新的工学院。
院系专业：
截至2019年9月学院官网显示，学院设有4个系，有12个本科专业。
系：农业机械化系、机械工程系、电气工程系、管理工程系。
本科专业：农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、工业设计、农业电气化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、工程管理、物流工程。
学科建设：
截至2019年9月学院官网显示，学院拥有1个博士后科研流动站、1个一级学科博士点、3个二级学科博士点、3个一级学科硕士点、9个二级学科硕士点、3个专业硕士学位授权类别、4个专业硕士学位授权领域。
博士后科研流动站：农业工程。
一级学科博士点：农业工程。
二级学科博士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程。
一级学科硕士点：农业工程、机械工程、管理科学与工程。
二级学科硕士点：农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、机械设计及理论、机械制造及其自动化、机械电子工程、车辆工程、管理科学与工程、检测技术与自动化装置。
专业硕士学位授权类别：电子信息、机械、工程管理。
专业硕士学位授权领域：农业工程、机械工程、物流工程、农业机械化。
以上内容参考：百度百科-南京农业大学工学院
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